Przebudowa w Latach 1598- 1619
„Osoba Jego Królewskiej Mości jest prawdziwie kawalerska, kształtnej postawy, twarz ściągła, czoło wysokie, nos kształtny, lecz trochę za duży, orzechowa ze szwedzka ostrzyżona bródka, wzrok łagodny i uprzejmy. Prócz polskiego języka mówi wybornie po łacinie, po włosku, po szwedzku i po niemiecku" - pisał o Zygmuncie III sekretarz legacji papieskiej Paolo Mucante i z uznaniem dodawał: „Jest to pan największej pobożności. Codziennie odmawia pacierze kapłańskie, tak jak gdyby był księdzem, codziennie słucha mszy czytanej, a potem śpiewanej i kazania. Posty zachowuje skrupulatnie". Mimo tak pochlebnej oceny nowy król nie spodobał się jednak Polakom. Gdy w sierpniu 1587 r. kanclerz Jan Zamoyski i „Jejmość Stefanowa" przeparli kandydaturę królewicza szwedzkiego, a na polu elekcyjnym prymas Stanisław Karnkowski ogłosił go królem, „wszystkim ludziom w uszy i serca smaczną była ta Jagiełłowska krew". Wkrótce jednak przyszły pierwsze rozczarowania. Król nie miał rycerskiego usposobienia. Był wyniosły i małomówny. Ubierał się „po niemiecku", a właściwie według mody hiszpańskiej. Grał w tenisa, uprawiał alchemię, otaczał się jezuitami, śpiewakami i artystami, z którymi „poufale - utyskiwała szlachta - nad powagę majestatu, obcuje". W niedługim czasie, na sejmie inkwizycyjnym, postawiono królowi znacznie poważniejsze zarzuty.
W pierwszych latach panowania Zygmunt III rezydował w Krakowie, zjeżdżał do Warszawy wraz z dworem na sejmy odbywające się w latach - 1589, 1591, 1592, 1593. Mieszkał wówczas, podobnie jak jego poprzednik Stefan Batory, w Nowym Domu Królewskim. Tu właśnie 23 maja 1593 r. królowa Anna Austriaczka powiła pierworodną córkę, którą do chrztu trzymała królowa Anna Jagiellonka, otoczona pierwszymi damami królestwa. Kardynał Jerzy Radziwiłł nadał niemowlęciu imię Anna Maria „ku zadziwieniu senatorów, albowiem w Polsce, ze względu na szacunek, nie nadawano imienia najświętszego Jezus żadnemu chłopcu, a imienia Marii żadnej dziewczynie". Były to pierwsze narodziny królewskie na Zamku w Warszawie. Wreszcie po pożarze Wawelu w 1595 r. dwór przeniósł się do Warszawy. W następnych latach król wyjeżdżał do Szwecji, a potem brał udział w wyprawach wojennych. Na stałe zamieszkał na Zamku dopiero po powrocie z kampanii smoleńskiej w 1611 r.