Zamek we Władaniu Jagiellonów
Pierwszy pobyt Zygmunta Starego - nowego władcy księstwa mazowieckiego - w Warszawie trwał miesiąc. W niecałe cztery tygodnie, od 25 sierpnia do 18 września 1526 r., zlikwidowano odrębność Mazowsza. Warszawa stała się jednym z miast Korony, a dawny Zamek książęcy prowincjonalną rezydencją królewską. Zarządzał nią z ramienia króla starosta warszawski Marcin Oborski. Przed opuszczeniem Warszawy król wyprawił okazały pogrzeb księciu Januszowi III, którego zwłoki do tego czasu spoczywały na marach. Fakt ten był niejako symbolicznym zamknięciem długiego okresu samodzielności Mazowsza. W styczniu 1529 r. zebrał się na Zamku w Warszawie ostatni sejm mazowiecki, na którym przeprowadzono inkorporację księstwa do Korony Polskiej. Następne zebrania szlachty, jakie odbywały się w Zamku, były już tylko sejmikami ziemskimi. Na sejmie inkorporacyjnym Zygmunt Stary nie był obecny. W Warszawie zatrzymał się na krótko dopiero w 1544 r., jadąc na sejm litewski do Brześcia. Zygmuntowi Staremu towarzyszyła królowa Bona i młoda królowa Elżbieta, od niespełna roku żona Zygmunta Augusta. Rodzina królewska zamieszkała na Zamku i wtedy właśnie była świadkiem wielkiego pożaru Warszawy.
W tym czasie nie podejmowano na Zamku żadnych większych prac budowlanych. W latach 1537 -1546, gdy starostą warszawskim i zarządcą Zamku był Jan Dzierzgowski, wzniesiono kilka drugorzędnych budynków gospodarczych. Znaczniejszą inwestycją była rozbudowa Wieży Grodzkiej, do której dobudowano od strony południowej prostokątną przybudówkę, istniejącą do dzisiaj. W 1548 r., po śmierci Zygmunta Starego, Mazowsze zostało przyznane królowej Bonie jako oprawa wdowia.
Stosunki między Boną i Zygmuntem Augustem były już wówczas bardzo napięte. Stara królowa, przekonawszy się o tym, że syn zamierza intronizować poślu-35 bioną potajemnie Barbarę Radziwiłłównę, opuściła na znak protestu Wawel i przeniosła się do Warszawy. Zabrała ze sobą na Zamek warszawski trzy córki - Zofię, Annę i Katarzynę, aby nie mieszkały pod jednym dachem z „nierządnicą litewską". Zanim to nastąpiło musiano przeprowadzić tu jakieś prace remontowe i adaptacyjne. Lustracja przeprowadzona w 1549 r. przez ks. Macieja Wargawskiego pozostawała zapewne w związku z przystosowaniem Zamku na rezydencję królowej wdowy. Bona rezydowała w Warszawie przez 7 lat, mieszkając na Zamku i w Ujazdowie. W piwnicach zamkowych przechowywała swoje legendarne skarby. Dbała o gospodarczy rozwój miasta i dochodowość swoich licznych folwarków i warsztatów.